L’écluse du Naye, d'une longueur utile de 150 mètres, de 25 mètre de largeur et d'un tirant d’eau d’exploitation de 9 mètres, relie le port à la mer et permet le passage de navires jusqu’à environ 15 000 tonnes de port en lourd.
En raison du fort marnage* et afin de limiter les surcharges sur la porte aval, le créneau de fonctionnement de l’écluse est limité à 2 heures 30 avant et 2 heures 30 après la pleine mer.
* Le marnage est la différence de hauteur entre la basse mer et la haute mer. A Saint-Malo, il atteint près de 12 mètres, alors que la moyenne mondiale n'est que de 2 mètres.
En moyenne, l’écluse effectue 10 sassées* par marée. C’est donc environ 6 000 fonctionnements par an que cet ouvrage effectue et il y transite annuellement 1 600 000 tonnes de marchandises.